也因为如此,在影集里,那些史克鲁尔人假冒的主要对象,也从超级英雄变成了政治人物,并打算藉由掀起战乱的方式消灭大量人类,使他们得以占领地球,因此就故事的影响层面来看,也让《秘密入侵》比《美国队长 2:酷寒战士》还要牵连更广,也更接近以上所说的那类谍报军事小说。故事主要围绕两位主人公北滨瑛二和七仓凛展开。两人均是学校戏剧部的成员,作为女主演的凛对舞台负责人瑛二抱有恋情,但青春暧昧下不敢直接告白。瑛二帮助凛进行表演训练时,凛才能通过各种角色之口暗示心意,而瑛二也因此仿佛同时被许多女生同时喜欢,因此才被成为“疑似后宫”。